Informations

1.13 : Introduction à la Morphologie Végétale - Biologie

1.13 : Introduction à la Morphologie Végétale - Biologie


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Objectifs d'apprentissage

  • Décrire les caractéristiques morphologiques des tiges herbacées et ligneuses.

L'identification des plantes dépend de la connaissance de la taxonomie et de la compréhension de la morphologie des tiges, des feuilles, des bourgeons, des fleurs et des fruits. La morphologie est le mot grec pour « l'étude de la forme » et la morphologie des plantes est l'étude des structures et des formes externes des plantes. Alors que la ressource botanique originale, Espèce plantaire a été publié par Carolus Linnaeus en 1753, l'une des références les plus complètes actuellement disponibles pour la morphologie des plantes est Huxley, A. (ed.) Le nouveau dictionnaire du jardinage de la Royal Horticultural Society. Londres, Macmillan Press, 1992.

Une connaissance pratique des descripteurs morphologiques pour l'identification des plantes permet l'utilisation de clés dichotomiques ainsi que d'échantillons d'herbier et de bases de données numériques. Un herbier est une collection de plantes pressées et séchées qui est systématiquement agencée à des fins de recherche et d'identification des plantes. Des informations sur la procédure de création d'échantillons d'herbier sont disponibles sur ce lien vers Herbier : Comment presser les plantes [Nouvel onglet][1]

Un élément YouTube a été exclu de cette version du texte. Vous pouvez le consulter en ligne ici : https://kpu.pressbooks.pub/plant-identification/?p=131

Herbier : Comment presser les plantes https://youtu.be/USltmLxNt80

Un exemple d'herbier institutionnel est disponible sur ce lien vers le Musée Beaty de la biodiversité de l'Université de la Colombie-Britannique [Nouvel onglet].[2]

Les bases de données et les applications numériques utilisent généralement la morphologie des tiges, des feuilles, des fleurs et des fruits pour identifier les plantes inconnues . Certaines bases de données régionales sont disponibles à ces liens vers le Base de données des plantes de l'Université polytechnique de Kwantlen [Nouvel onglet][3], Plantes paysagères de l'Université d'État de l'Oregon [Nouvel onglet][4], et Université de la Colombie-Britannique E-Flora BC [Nouvel onglet][5].

Morphologie de la tige

Une description morphologique commence généralement par la structure d'une plante. Les tiges des plantes avec des tissus vasculaires soutiennent les feuilles et les structures de reproduction telles que les fleurs. Selon le type de plante, les tiges peuvent être ligneuses ou herbacées, et pleines ou creuses en section transversale.

Les tiges herbacées (non ligneuses) avec des tiges solides ou creuses sont typiques des plantes herbacées (eudicots), des graminées et des plantes ressemblant à des graminées appelées joncs et carex (monocotylédones). Les tiges sont généralement remplies d'un tissu spongieux doux appelé moelle, qui stocke et transporte les nutriments. Le chaume (tige) d'une plante graminée (Poa spp.) est creux avec de la moelle uniquement aux nœuds articulés. La base de la feuille tourne autour de la tige formant une série de gaines superposées. Carex (Carex spp.), diffèrent des graminées et des joncs en ce que les tiges sont triangulaires (en forme de V) en coupe transversale à la base (« les carex ont des bords »), ont une moelle pleine et ne sont pas articulées. Les joncs diffèrent des graminées en ce que les tiges ne sont pas articulées (pas de nœuds) et sont généralement remplies de moelle. Certains genres urgents, comme Luzula spp. peut ressembler beaucoup à de l'herbe avec des limbes foliaires lorsqu'il est en Juncus spp. les feuilles peuvent être réduites à une simple gaine arrondie. Les descriptions des caractéristiques morphologiques sont illustrées sur ce lien vers Graminées, carex et joncs [Nouvel onglet][6].

Contrairement aux tiges herbacées qui meurent à la fin de la saison de croissance, les tiges ligneuses sont des structures permanentes qui augmentent en longueur et en circonférence (diamètre) chaque année et produisent de l'écorce comme couverture protectrice. Les caractéristiques générales de la tige ligneuse illustrée à la figure 13.1 seront caractéristiques d'une espèce végétale particulière.

Figure 13.1 Caractéristiques externes d'une tige ligneuse

La forme, la taille et la disposition des bourgeons et des lenticelles (petites ouvertures dans l'écorce externe qui permettent l'échange de gaz) sont souvent identifiables dans les arbres et les arbustes, comme le montrent les figures 13.2 et 13.3. L'épaisseur, la texture, le motif et la couleur de l'écorce de nombreuses plantes ligneuses sont à la fois une caractéristique distinctive pour l'identification et une caractéristique attrayante pour l'aménagement paysager.

Figure 13.2 Bourgeons de Prunus

Figure 13.3 Écorce de Prunus et lenticelles

Des exemples de morphologie des tiges herbacées et des tiges et bourgeons ligneux sont disponibles sur ce lien vers Tiges – Externe KPU.ca/Hort [Nouvel onglet][7].

Les modifications des tiges comprennent des structures souterraines, aériennes et aériennes qui sont caractéristiques de différentes espèces végétales. Les structures souterraines pour l'épandage et le stockage des aliments comprennent les rhizomes, les bulbes, les tubercules et les bulbes. Les stolons, les coureurs, les drageons et les rejets qui poussent presque parallèlement ou juste au-dessus du sol permettent la propagation des plantes. Les modifications aériennes comprennent des vrilles de tige et des épines pour l'escalade et la protection. Dans des conditions xériques (sèches), la tige peut prendre en charge la photosynthèse afin de réduire la perte d'eau des feuilles (Cactus spp.). Des exemples de différents types de modifications de tige sont affichés sur ce lien vers Modifications – Potence KPU.ca/Hort [Nouvel onglet][8].

Vrai ou faux Recherchez les noms de plantes disponibles sur ce lien vers le Base de données de l'usine KPU [Nouvel onglet][9]

Un élément interactif ou médiatique a été exclu de cette version du texte. Vous pouvez le consulter en ligne ici :
kpu.pressbooks.pub/plant-identification/?p=131

Un élément interactif ou médiatique a été exclu de cette version du texte. Vous pouvez le consulter en ligne ici :
kpu.pressbooks.pub/plant-identification/?p=131



La morphologie végétale traite de la forme de la plante, y compris son développement et son évolution. Il peut être défini dans un sens étroit comme se référant uniquement à la forme externe, contrairement à l'anatomie qui se réfère à la forme interne. Mais la morphologie végétale peut également être définie dans un sens large qui inclut à la fois la forme interne et externe à tous les niveaux d'organisation du niveau moléculaire et cellulaire au niveau de l'organisme (Sattler 1978, Introduction).

Depuis que la génétique moléculaire est devenue à la mode, la morphologie des plantes a été de plus en plus négligée et, dans une certaine mesure, elle a été intégrée à la biologie du développement évolutif (evo-devo) . Néanmoins, la morphologie des plantes reste fondamentalement pertinente pour presque tous les domaines de la biologie végétale tels que la génétique moléculaire, la physiologie, l'écologie, la biologie évolutive et la systématique. Dans ces domaines, des concepts et/ou des théories morphologiques sont utilisés ou sous-entendus. Par conséquent, dans une certaine mesure, ces champs sont basés sur ou reflètent la morphologie (Kaplan 2001, Sattler et Rutishauser 1997 ).

Contrairement à une idée reçue largement répandue, la morphologie végétale n'est pas une science finie, mais, comme toute science, ouverte à l'innovation constante. Une telle innovation peut concerner des détails morphologiques, des concepts, des théories, voire la matrice disciplinaire (ou paradigme). Mes contributions à la morphologie des plantes ont été empiriques et théoriques, impliquant une révision de certaines des hypothèses et des principes les plus fondamentaux de la matrice disciplinaire de la morphologie des plantes.

Avec de nombreux étudiants de premier cycle et des cycles supérieurs, techniciens, stagiaires postdoctoraux, associés de recherche et collègues, j'ai effectué des recherches en morphologie végétale pendant près de quarante ans dans la seconde moitié du 20 e siècle (voir mes Publications ). L'un des principaux axes de cette recherche a été le continuum dynamique des formes chez les plantes, en particulier les plantes à fleurs. Un examen de nombreux aspects de cette recherche peut être trouvé dans le chapitre de mon livre intitulé &ldquoHomology, homeosis and process morphology in plants&rdquo (Sattler 1994). Ce qui suit est une discussion générale des problèmes fondamentaux de la morphologie des plantes. Des références à nos contributions peuvent être trouvées dans la liste de mes publications . Pour une visite guidée de ce que je considère comme certaines de mes publications les plus importantes, voir mon essai L'évolution de ma recherche phytomorphologique dans mes publications et Plant Evo-Devo (Evolutionary Developmental Biology) .


Majeure en technologie médicale (MEDT)

Conseiller principal : Brandy Roberts, Dir. de conseiller de premier cycle
Bureau : 117 Hall Harned

Les technologues médicaux sont préparés pour des postes dans les laboratoires hospitaliers, les cliniques, les laboratoires de recherche, l'industrie des services de santé publique et dans diverses organisations de santé locales, étatiques et fédérales.

Le programme de technologie médicale menant au baccalauréat ès sciences de la Mississippi State University comprend trois années d'études à la Mississippi State University et une année d'études dans une école hospitalière de technologie médicale accréditée par la National Accrediting Agency for Clinical Laboratory Sciences. L'admission à l'école hospitalière est sur concours. Un étudiant qui a terminé de manière satisfaisante les trois années sur le campus et a obtenu l'admission dans une école hospitalière s'inscrire à la phase hospitalière et sera considéré comme inscrit à l'État du Mississippi au cours de la dernière année d'études. Les diplômés sont préparés à la certification par plusieurs agences nationales.


Introduction

Le gène est l'unité physique de l'hérédité et les gènes sont disposés dans un ordre linéaire sur les chromosomes. Le comportement et l'interaction des chromosomes au cours de la méiose expliquent, au niveau cellulaire, les schémas héréditaires que nous observons dans les populations. Les troubles génétiques impliquant des altérations du nombre ou de la structure des chromosomes peuvent avoir des effets dramatiques et peuvent empêcher le développement d'un ovule fécondé.

En tant qu'associé Amazon, nous gagnons des achats éligibles.

Vous voulez citer, partager ou modifier ce livre ? Ce livre est Creative Commons Attribution License 4.0 et vous devez attribuer OpenStax.

    Si vous redistribuez tout ou partie de ce livre dans un format imprimé, vous devez alors inclure sur chaque page physique l'attribution suivante :

  • Utilisez les informations ci-dessous pour générer une citation. Nous vous recommandons d'utiliser un outil de citation comme celui-ci.
    • Auteurs : Mary Ann Clark, Matthew Douglas, Jung Choi
    • Éditeur/site Web : OpenStax
    • Titre du livre : Biologie 2e
    • Date de parution : 28 mars 2018
    • Lieu : Houston, Texas
    • URL du livre : https://openstax.org/books/biology-2e/pages/1-introduction
    • URL de la section : https://openstax.org/books/biology-2e/pages/13-introduction

    © 7 janvier 2021 OpenStax. Le contenu des manuels produit par OpenStax est sous licence Creative Commons Attribution License 4.0. Le nom OpenStax, le logo OpenStax, les couvertures de livres OpenStax, le nom OpenStax CNX et le logo OpenStax CNX ne sont pas soumis à la licence Creative Commons et ne peuvent être reproduits sans le consentement écrit préalable et exprès de Rice University.


    Biologie végétale, taxonomie et morphologie

    Ce cours à votre rythme vous apprend les parties des plantes et leur fonctionnement. Vous passerez en revue le développement des plantes et les processus des plantes comme la photosynthèse, la respiration et la transpiration. L'information est présentée avec un accent particulier sur la gestion des plantes dans un paysage.

    Des vidéos éducatives, des images, de courtes lectures et des questions de contrôle des connaissances vous enseignent la taxonomie et la morphologie des plantes afin que vous puissiez identifier avec précision les plantes et utiliser des noms scientifiques de plantes, des noms communs et des cultivars. Pour les paysagistes, cela vous aide à communiquer avec les fournisseurs et les clients. Vous découvrirez également les défenses des plantes et les facteurs environnementaux qui influencent la survie des plantes.

    Il y a quatre sections dans ce cours, et chacune a un quiz à la fin. Vous devrez obtenir un score supérieur à 80% à chaque quiz pour réussir ce cours et recevoir un certificat d'achèvement.

    Ce cours se qualifie pour 2 unités de formation continue (CEU) d'horticulteur certifié de Pennsylvanie (PCH). Pour obtenir ce crédit, terminez le cours et obtenez un certificat d'achèvement. Ensuite, soumettez votre certificat d'achèvement lorsque vous soumettez vos CEU à la Pennsylvania Landscape and Nursery Association.

    Ce cours a été soutenu par les généreuses contributions de la Pennsylvania Landscape and Nursery Association.


    Thèmes végétaux

    • Chimie des plantes
    • Évolution des plantes
    • Les plantes et les humains
    • Parties de plantes
    • Dispersion de graine
    • Photosynthèse

    Au fur et à mesure que les botanistes d'UntamedScience ajouteront plus d'informations cette année, nous ajouterons également des vidéos éducatives à ces pages. Soyez patient avec nous cependant, ces pages sont toutes en construction …


    Produits fréquemment achetés ensemble

    Revoir

    Eloge pour la première édition :

    "C'est le meilleur livre sur le sujet de l'anatomie végétale depuis les textes d'Esaü. peut aussi bien servir de texte. ou comme référence pour les chercheurs.
    Carol A. Peterson, Annales de botanique

    "Une contribution fabuleuse et importante qui doit être lue par quiconque se dit botaniste."
    Karl J. Niklas, professeur Liberty Hyde Bailey de biologie végétale, Université Cornell

    "Une introduction à la structure et au développement des plantes : l'anatomie des plantes pour le XXIe siècle est une synthèse significative et informative. Ceux qui s'intéressent à la structure des plantes y trouveront probablement une référence précieuse à posséder. à la fois l'enseignement et la recherche."
    William B. Sanders, Florida Gulf Coast University for Plant Science Bulletin

    Description du livre

    A propos de l'auteur


    Introduction à la paléobotanique, comment se forment les plantes fossiles

    Thomas N. Taylor , . Michael Krings , dans Paléobotanique (Deuxième édition) , 2009

    Boules de charbon.

    Nous en savons plus sur l'anatomie, la morphologie et la biologie des plantes des marais houillers du Carbonifère que celles de toute autre période, et cela est principalement dû aux boules de charbon. Au Carbonifère, l'Amérique du Nord et l'Europe étaient proches de l'équateur et contenaient de vastes forêts tropicales qui ont contribué aux vastes gisements de charbon caractéristiques de ces régions aujourd'hui. Certains de ces gisements de charbon sont associés à des boulets de charbon (figures 1.51–1.53), des nodules de formes diverses qui apparaissent dans les filons de charbon bitumineux. Les boules de charbon représentent des dépôts de tourbe perminéralisée et sont composées presque entièrement de parties végétales conservées dans du carbonate de calcium. Certains des premiers trouvés en Angleterre étaient presque sphériques, d'où le nom de boule de charbon, mais ils peuvent être de forme irrégulière et varier de quelques centimètres à plusieurs mètres d'épaisseur. Certains des plus anciens proviennent du Namurien supérieur (Mississippien supérieur) d'Allemagne et de la République tchèque, mais ils sont également connus des gisements de charbon du Permien en Chine. Ils peuvent être facilement étudiés au moyen de la technique du peeling.

    Graphique 1.51 . Collecte de boulets de charbon dans une mine à ciel ouvert dans le sud de l'Illinois.

    Graphique 1.52 . Creuser des boulets de charbon à partir d'une berge dans l'Illinois, aux États-Unis.

    Graphique 1.53. Transport de sacs de boulets de charbon depuis un site du Kentucky, aux États-Unis.

    La méthode de formation des boulets de charbon a été examinée par un certain nombre de paléobotanistes (Falcon-Lang, 2008), à commencer par Stopes et Watson (1908), mais le processus n'est pas encore entièrement compris. Lorsqu'elle était fraîche ou partiellement décomposée, la tourbe était infiltrée de carbonates (calcite fibreuse) avant qu'il y ait eu un compactage important des plantes à l'intérieur. Étant donné que certaines boules de charbon sont associées à des calcaires marins, il a été suggéré que les plantes poussaient dans des zones marécageuses basses près de la mer, et cette hypothèse correspond à la paléogéographie du milieu du continent nord-américain au Carbonifère. Lors de tempêtes ou de transgressions marines (Mamay et Yochelson, 1962), le marais houiller était inondé par l'eau de mer, qui fournissait une source de carbonate de calcium pour la perminéralisation. Cette hypothèse explique le caractère mixte de certaines boules de charbon dans lesquelles sont conservés des restes végétaux et animaux marins. Scott et Rex (1985) ont suggéré que toutes les boules de charbon ne sont pas formées par le même processus et ont proposé un modèle de formation non marin dans lequel les fluides perminéralisants sont dérivés de la percolation des eaux souterraines riches en carbonates. Scott et al. (1996) ont examiné l'origine des boules de charbon du Carbonifère et du Permien d'Euramerica et de Chine et ont conclu que plusieurs mécanismes différents étaient impliqués, selon la région et l'emplacement des boules de charbon dans la veine de charbon. Sur la base des isotopes du carbone, ils ont constaté que certaines boules de charbon impliquaient un mélange d'eau douce marine et météorique percolant à travers la tourbe et ont noté que la plupart des boules de charbon se formaient dans des bassins d'eau douce avec au moins une certaine influence marine. Il ne fait guère de doute que la formation de boules de charbon était un processus hautement spécialisé, car aucun n'est connu après le Carbonifère‐Permien. Pour le mineur de charbon, ces boules de charbon de carbonate de calcium représentent des impuretés dans le charbon qui sont souvent qualifiées de « faute », mais pour le paléobotaniste, elles fournissent une source d'informations fascinantes qui peuvent être utilisées pour étudier la biologie des plantes qui vivaient dans les tourbières. il y a des centaines de millions d'années.


    Les références

    Abramoff, M.D., Magalh฾s, P.J. et Ram, S.J. (2004). Traitement d'images avec ImageJ. Biophotonique Int. 11, 36&# x201342.

    Armengaud, P., Zambaux, K., Hills, A., Sulpice, R., Pattison, R.J., Blatt, M.R., et al. (2009). EZ-Rhizo : logiciel intégré pour la mesure rapide et précise de l'architecture du système racinaire. Plante J. 57, 945&# x2013956. doi: 10.1111/j.1365-313X.2008.03739.x

    Auger, S., et Shipley, B. (2012). Variation des traits interspécifiques et intraspécifiques le long de courts gradients environnementaux dans une forêt tempérée ancienne. J. Vég. Sci. 24, 419&# x2013428. doi: 10.1111/j.1654-1103.2012.01473.x

    Bailey, J.K., Hendry, A.P., Kinnison, M.T., Post, D.M., Palkovacs, E.P., Pelletier, F., et al. (2009a). Des gènes aux écosystèmes : une synthèse émergente des dynamiques éco-évolutives. Nouveau Phytol. 184, 746&# x2013749. doi: 10.1111/j.1469-8137.2009.03081.x

    Bailey, J.K., Schweitzer, J.A., Ubeda, F., Koricheva, J., LeRoy, C.J., Madritch, M.D., et al. (2009b). Des gènes aux écosystèmes : une synthèse des effets des facteurs phytogénétiques à travers les niveaux d'organisation. Philos. Trans. R. Soc. B 364, 1607&# x20131616. doi: 10.1098/rstb.2008.0336

    Bangert, R.K., Allan, G.J., Turek, R.J., Wimp, G.M., Meneses, N., Martinsen, G.D., et al. (2006). Des gènes à la géographie : une règle de similarité génétique pour la structure des communautés d'arthropodes à plusieurs échelles géographiques. Mol. Écol. 15, 4215&# x20134228. doi: 10.1111/j.1365-294X.2006.03092.x

    Bashline, L., Lei, L., Li, S. et Gu, Y. (2014). Paroi cellulaire, cytosquelette et expansion cellulaire chez les plantes supérieures. Mol. Plante 7, 586�. doi: 10.1093/mp/ssu018

    Beemster, G.T.S., De Veylder, L., Vercruysse, S., West, G., Rombaut, D., Van Hummelen, P., et al. (2005). Analyse à l'échelle du génome des profils d'expression génique associés aux transitions du cycle cellulaire dans les organes en croissance de Arabidopsis. Physiol végétal. 138, 734�. doi: 10.1104/pp.104.053884

    Bensmihen, S., Hanna, A. I., Langlade, N. B., Micol, J. L., Bangham, A. et Coen, E. S. (2008). Espaces mutationnels pour la forme et la taille des feuilles. HFSP J. 2, 110�. doi: 10.2976/1.2836738

    Berntson, G.M. (1997). Échelle topologique et architecture du système racinaire des plantes : hiérarchies développementales et fonctionnelles. Nouveau Phytol. 135, 621&# x2013634. doi: 10.1046/j.1469-8137.1997.00687.x

    Bonser, A.M., Lynch, J. et Snapp, S. (1996). Effet d'une carence en phosphore sur l'angle de croissance des racines basales dans Phaseolus vulgaris. Nouveau Phytol. 132, 281&# x2013288. doi: 10.1111/j.1469-8137.1996.tb01847.x

    Bossinger, G., et Smyth, D.R. (1996). Modèles d'initiation du développement des fleurs et des organes floraux dans Arabidopsis thaliana. Développement 122, 1093&# x20131102. doi: 10.1105/tpc.1.1.37

    Boudon, F., Pradal, C., Cokelaer, T., Prusinkiewicz, P. et Godin, C. (2012). L-Py : un cadre de simulation de système L pour la modélisation du développement d'architectures d'usines basé sur un langage dynamique. Devant. Plante Sci. 3:76. doi: 10.3389/fpls.2012.00076

    Bucksch, A. (2014). Une introduction pratique aux squelettes pour les sciences végétales. Appl. Plante Sci. 2:1400005. doi: 10.3732/apps.1400005

    Bucksch, A., Burridge, J., York, L.M., Das, A., Nord, E., Weitz, J.S., et al. (2014). Phénotypage de terrain à haut débit basé sur l'image des racines des cultures. Physiol végétal. 166, 470&# x2013486. doi: 10.1104/pp.114.243519

    Bucksch, A., Lindenbergh, R. et Menenti, M. (2010). SkelTre. Vis. Calcul. 26, 1283&# x20131300. doi: 10.1007/s00371-010-0520-4

    Burridge, J., Schneider, H. M., Huynh, B.-L., Roberts, P. A., Bucksch, A. et Lynch, J. P. (2016). Cartographie des associations pangénomiques et impact agronomique de l'architecture racinaire du niébé. Théor. Appl. Genet. doi: 10.1007/s00122-016-2823-y [Epub avant impression].

    Chen, B.J.W., Pendant, H.J. et Anten, N.P.R. (2012). Détecter son voisin : reconnaissance d'identité au niveau racinaire chez les plantes. Plante Sci. 195, 157&# x2013167. doi: 10.1016/j.plantsci.2012.07.006

    Chew, Y.H., Smith, R.W., Jones, H.J., Seaton, D.D., Grima, R. et Halliday, K.J. (2014). Les modèles mathématiques éclairent la signalisation des plantes. Cellule de plante 26, 5�. doi: 10.1105/tpc.113.120006

    Chitwood, D. H., Headland, L. R., Kumar, R., Peng, J., Maloof, J. N. et Sinha, N. R. (2012). La trajectoire de développement de la morphologie des folioles chez les espèces de tomates sauvages. Physiol végétal. 158, 1230&# x20131240. doi: 10.1104/pp.111.192518

    Chitwood, D. H., Klein, L. L., O’Hanlon, R., Chacko, S., Greg, M., Kitchen, C., et al. (2016a). Formes développementales et évolutives latentes incrustées dans la feuille de vigne. Nouveau Phytol. 210, 343&# x2013355. doi: 10.1111/nph.13754

    Chitwood, D.H., Kumar, R., Headland, L.R., Ranjan, A., Covington, M.F., Ichihashi, Y., et al. (2013). Une base génétique quantitative pour la morphologie des feuilles dans un ensemble de lignes d'introgression de tomate définies avec précision. Cellule de plante 25, 2465�. doi: 10.1105/tpc.113.112391

    Chitwood, D.H., Ranjan, A., Martinez, C.C., Headland, L.R., Thiem, T., Kumar, R., et al. (2014). Une ampélographie moderne : une base génétique pour la forme des feuilles et la nervation du raisin. Physiol végétal. 164, 259�. doi: 10.1104/pp.113.229708

    Chitwood, D.H., Rundell, S.M., Li, D.Y., Woodford, Q.L., Yu, T.T., Lopez, J.R., et al. (2016b). Climat et plasticité développementale : variabilité interannuelle de la morphologie foliaire de la vigne. Physiol végétal. 170, 1480&# x20131491. doi: 10.1104/pp.15.01825

    Chitwood, D.H. et Sinha, N.R. (2016). Les forces évolutives et environnementales sculptent le développement des feuilles. Cour. Biol. 4, R297–R306. doi: 10.1016/j.cub.2016.02.033

    Clark, C., et Kalita, J. (2014). Une comparaison d'algorithmes pour l'alignement par paires de réseaux biologiques. Bioinformatique 30, 2351&# x20132359. doi: 10.1093/bioinformatique/btu307/-/DC1

    Clark, R.T., MacCurdy, R.B., Jung, J.K., Shaff, J.E., McCouch, S.R., Aneshansley, D.J., et al. (2011). Phénotypage des racines en trois dimensions avec une nouvelle plate-forme logicielle et d'imagerie. Physiol végétal. 156, 455&# x2013465. doi: 10.1104/pp.110.169102

    Cooper, L., et Jaiswal, P. (2016). L'ontologie végétale : un outil pour la génomique végétale. Méthodes Mol. Biol. 1374, 89&# x2013114. doi: 10.1007/978-1-4939-3167-5_5

    Crutsinger, G.M., Collins, M.D., Fordyce, J.A., Gompert, Z., Nice, C.C. et Sanders, N.J. (2006). La diversité génotypique des plantes prédit la structure de la communauté et régit un processus écosystémique. Science 313, 966&# x2013968. doi: 10.1126/science.1128326

    Cui, M. L., Copsey, L., Green, A. A., Bangham, J. A. et Coen, E. (2010). Contrôle quantitatif de la forme des organes par l'activité combinatoire des gènes. PLoS Biol. 8:e1000538. doi: 10.1371/journal.pbio.10000538

    Das, A., Schneider, H., Burridge, J., Ascanio, A.K.M., Wojciechowski, T., Topp, C.N., et al. (2015). Imagerie numérique des traits racinaires (DIRT) : une plate-forme de calcul et de collaboration à haut débit pour la phénomique racinaire sur le terrain. Méthodes végétales 11h51. doi: 10.1186/s13007-015-0093-3

    de Boer, H.J., Price, C.A., Wagner-Cremer, F., Dekker, S.C., Franks, P.J. et Veneklaas, E.J. (2016). Allocation optimale de la surface épidermique des feuilles pour les échanges gazeux. Nouveau Phytol. 210, 1219&# x20131228. doi: 10.1111/nph.13929

    Draye, X., Kim, Y., Lobet, G. et Javaux, M. (2010). Intégration assistée par modèle des contraintes physiologiques et environnementales affectant les modèles dynamiques et spatiaux d'absorption d'eau par les racines des sols. J. Exp. Bot. 61, 2145�. doi: 10.1093/jxb/erq077

    Eichhorst, P., et Savitch, W.J. (1980). Fonctions de croissance des systèmes stochastiques de Lindenmayer. Informer. Contrôler 45, 217�. doi: 10.1016/S0019-9958(80)90593-8

    Fang, S., Clark, R.T., Zheng, Y., Iyer-Pascuzzi, A.S., Weitz, J.S., Kochian, L.V., et al. (2013). Reconnaissance génotypique et réponses spatiales des racines de riz. Proc. Natl. Acad. Sci. ETATS-UNIS. 110, 2670�. doi: 10.1073/pnas.1222821110

    Feng, A., Wilson, Y., Bowers, J., Kennaway, R., Bangham, A., Hannah, A., et al. (2009). Evolution de l'allométrie en antirrhinum. Cellule de plante 21, 2999�. doi: 10.1105/tpc.109.069054

    Ficklin, S.P., et Feltus, F.A. (2011). Alignement du réseau de coexpression génique et conservation des modules géniques entre deux espèces de graminées : le maïs et le riz. Physiol végétal. 156, 1244�. doi: 10.1104/pp.111.173047

    French, A., Ubeda-Tomás, S., Holman, T. J., Bennett, M. J. et Pridmore, T. (2009). Quantification à haut débit de la croissance des racines à l'aide d'un nouvel outil d'analyse d'images. Physiol végétal. 150, 1784&# x20131795. doi: 10.1104/pp.109.140558

    Galkovskyi, T., Mileyko, Y., Bucksch, A., Moore, B., Symonova, O., Price, C. A., et al. (2012). Racines GiA : logiciel d'analyse à haut débit de l'architecture du système racinaire des plantes. BMC Végétal Biol. 12:116. doi: 10.1186/1471-2229-12-116

    Gendreau, E., Traas, J., Desnos, T., Grandjean, O., Caboche, M. et Hofte, H. (1997). Base cellulaire de la croissance de l'hypocotyle dans Arabidopsis thaliana. Physiol végétal. 114, 295&# x2013305. doi: 10.1104/pp.114.1.295

    Godin, C. (2000). Représenter et encoder l'architecture végétale : une revue. Anne. Pour. Sci. 57, 413&# x2013438. doi: 10.1051/forêt:2000132

    Godin, C., et Caraglio, Y. (1998). Un modèle multi-échelle des structures topologiques végétales. J. Théor. Biol. 191, 1&# x201346. doi: 10.1006/jtbi.1997.0561

    Godin, C., Costes, E., et Sinoquet, H. (1999). Une méthode de description de l'architecture d'une usine qui intègre la topologie et la géométrie. Anne. Bot. 84, 343�. doi: 10.1006/anbo.1999.0923

    Hartley, R., et Zisserman, A. (2005). Géométrie à vues multiples en vision par ordinateur. Cambridge : Cambridge University Press.

    Hemmerling, R., Kniemeyer, O., Lanwert, D., Kurth, W. et Buck-Sorlin, G. (2008). Le langage à base de règles XL et l'environnement de modélisation GroIMP illustrés avec une compétition d'arbres simulée. Fonction. Biol végétale. 35, 739&# x2013750. doi: 10.1071/FP08052

    Hervieux, N., Dumond, M., Sapala, A., Routier-Kierzkowska, A.-L., Kierzkowski, D., Roeder, A. H. K., et al. (2016). Une rétroaction mécanique restreint la croissance et la forme des sépales dans Arabidopsis. Cour. Biol. 26, 1019&# x20131028. doi: 10.1016/j.cub.2016.03.004

    Hille Ris Lambers, J., Adler, P. B., Harpole, W. S., Levine, J. M. et Mayfield, M. M. (2012). Repenser le rassemblement communautaire à travers le prisme de la théorie de la coexistence. Annu. Rév. Écol. Évol. Syst. 43, 227�. doi: 10.1146/annurev-ecolsys-110411-160411

    Hodge, A. (2004). La plante plastique : réponses des racines à des apports hétérogènes de nutriments. Nouveau Phytol. 162, 9�. doi: 10.1111/j.1469-8137.2004.01015.x

    Hong, L., Dumond, M., Tsugawa, S., Sapala, A., Routier-Kierzkowska, A.-L., Zhou, Y., et al. (2016). La croissance cellulaire variable donne un développement reproductible des organes grâce à une moyenne spatio-temporelle. Dév. Cellule 38, 15�. doi: 10.1016/j.devcel.2016.06.016

    Hughes, A.R., Inouye, B.D., Johnson, M.T.J., Underwood, N. et Vellend, M. (2008). Conséquences écologiques de la diversité génétique. Écol. Lett. 11, 609�. doi: 10.1111/j.1461-0248.2008.01179.x

    Hund, A., Trachsel, S. et Stamp, P. (2009). Croissance des racines axiles et latérales du maïs : I. développement d'une plateforme de phénotypage. Sol végétal 325, 335&# x2013349. doi: 10.1007/s11104-009-9984-2

    Ilic, K., Kellogg, E.A., Jaiswal, P., Zapata, F., Stevens, P.F., Vincent, L.P., et al. (2007). L'ontologie de la structure végétale, un vocabulaire unifié de l'anatomie et de la morphologie d'une plante à fleurs. Physiol végétal. 143, 587&# x2013599. doi: 10.1104/pp.106.092825

    Ito, F., Komatsubara, S., Shigezawa, N., Morikawa, H., Murakami, Y., Yoshino, K., et al. (2015). Mécanique de la collecte de l'eau chez les plantes via le changement de morphologie des poils coniques. Appl. Phys. Lett. 106:133701. doi: 10.1063/1.4916213

    Iyer-Pascuzzi, A.S., Symonova, O., Mileyko, Y., Hao, Y., Belcher, H., Harer, J., et al. (2010). Plateforme d'imagerie et d'analyse pour le phénotypage automatique et le classement des caractères des systèmes racinaires des plantes. Physiol végétal. 152, 1148&# x20131157. doi: 10.1104/pp.109.150748

    Jain, A.K. (1989). Fondamentaux du traitement d'images numériques. Upper Saddle River, NJ : Prentice-Hall, Inc.

    Jaramillo, R.E., Nord, E.A., Chimungu, J.G., Brown, K.M. et Lynch, J.P. (2013). La charge corticale des racines influence la tolérance à la sécheresse du maïs. Anne. Bot. 112, 429&# x2013437. doi: 10.1093/aob/mct069

    Johnson, M., Lajeunesse, M. J. et Agrawal, A. A. (2006). Effets additifs et interactifs de la diversité génotypique des plantes sur les communautés d'arthropodes et la fitness des plantes. Écol. Lett. 9, 24�. doi: 10.1111/j.1461-0248.2005.0833.x

    Jung, J. et McCouch, S. (2013). Aller à la racine : contrôle génétique et hormonal de l'architecture racinaire. Devant. Plante Sci. 4:186. doi: 10.3389/fpls.2013.00186/abstract

    Kichenin, E., Wardle, D.A., Peltzer, D.A., Morse, C.W. et Freschet, G.T. (2013). Effets contrastés de la variation inter- et intraspécifique des plantes sur les mesures des caractères au niveau de la communauté le long d'un gradient environnemental. Fonction. Écol. 27, 1254�. doi: 10.1111/1365-2435.12116

    Kleyer, M., Bekker, R.M., Knevel, I.C., Bakker, J.P., Thompson, K., Sonnenschein, M., et al. (2008). La base de traits LEDA : une base de données de traits d'histoire de vie pour la flore d'Europe du Nord-Ouest. J. Écol. 96, 1266&# x20131274. doi: 10.1111/j.1365-2745.2008.01430

    Krajewski, P., Chen, D., Cwiek, H., van Dijk, A.D.J., Fiorani, F., Kersey, P., et al. (2015). Vers des recommandations pour la gestion des métadonnées et des données dans le phénotypage des plantes. J. Exp. Bot. 66, 5417&# x20135427. doi: 10.1093/jxb/erv271

    Kuchaiev, O., Milenkoviæ, T., Memiᘞviæ, V., Hayes, W. et Pržulj, N. (2010). L'alignement du réseau topologique révèle la fonction biologique et la phylogénie. J. R. Soc. Interf. 7, 1341&# x20131354. doi: 10.1098/rsif.2010.0063

    Kuhl, F.P., et Giardina, C.R. (1982). Caractéristiques de Fourier elliptiques d'un contour fermé. Calcul. Graphique. Processus d'image. 19, 236&# x2013258. doi: 10.1016/0146-664X(82)90034-X

    Kuijken, R.C.P., van Eeuwijk, F.A., Marcelis, L.F.M. et Bouwmeester, H.J. (2015). Phénotypage racinaire : du caractère constitutif en laboratoire à la sélection : Tableau 1. J. Exp. Bot. 66, 5389&# x20135401. doi: 10.1093/jxb/erv239

    Kurth, W., Kniemeyer, O. et Buck-Sorlin, G. (2005). “Rgrammaires de croissance relationnelle–une approche de réécriture de graphes pour les systèmes dynamiques avec une structure dynamique,” dans Paradigmes de programmation non conventionnels, dir. J.-P. Banâtre, P. Fradet, J.-L. Giavito, et O. Michel (Berlin : Springer), 56&# x201372. doi: 10.1007/11527800_5

    Kutschera, U., et Niklas, K. J. (2007). La théorie du contrôle de la croissance épidermique de l'allongement de la tige: une ancienne et une nouvelle perspective. J. Physiol Végétal. 164, 1395&# x20131409. doi: 10.1016/j.jplph.2007.08.002

    Langlade, N.B., Feng, X., Dransfield, T., Copsey, L., Hanna, A.I., Thebaud, C., et al. (2005). Évolution à travers l'espace allométrique génétiquement contrôlé. Proc. Natl. Acad. Sci. ETATS-UNIS. 102, 10221&# x201310226. doi: 10.1073/pnas.0504210102

    Lankau, R.A., et Strauss, S.Y. (2007). Les rétroactions mutuelles maintiennent à la fois la diversité génétique et la diversité des espèces dans une communauté végétale. Science 317, 1561&# x20131563. doi: 10.1126/science.1147455

    Laughlin, D.C., et Laughlin, D.E. (2013). Avancées dans la modélisation de l'assemblage de communautés végétales basé sur les traits. Tendances Plant Sci. 18, 584�. doi: 10.1016/j.tplants.2013.04.012

    Leitner, D., Klepsch, S., Ptashnyk, M., Marchant, A., Kirk, G.J.D., Schnepf, A., et al. (2010). Un modèle dynamique d'absorption des nutriments par les poils absorbants. Nouveau Phytol. 185, 792&# x2013802. doi: 10.1111/j.1469-8137.2009.03128.x

    Li, L., Zhang, Q. et Huang, D. (2014). Une revue des techniques d'imagerie pour le phénotypage des plantes. Capteurs 14, 20078�. doi: 10.3390/s141120078

    Lindenmayer, A. (1968). Modèles mathématiques pour l'interaction cellulaire dans le développement, parties I et II. J. Théor. Biol. 18, 280�. doi: 10.1016/0022-5193(68)90079-9

    Lobet, G., Draye, X. et Perilleux, C. (2013). Une base de données en ligne pour les outils logiciels d'analyse d'images de plantes. Méthodes végétales 9h38. doi: 10.1186/1746-4811-9-38

    Lobet, G., Pages, L. et Draye, X. (2011). Une nouvelle boîte à outils d'analyse d'images permettant une analyse quantitative de l'architecture du système racinaire. Physiol végétal. 157, 29&# x201339. doi: 10.1104/pp.111.179895

    Lobet, G., Pound, M.P., Diener, J., Pradal, C., Draye, X., Godin, C., et al. (2015). Langage de balisage du système racine : vers un langage de description d'architecture racine unifié. Physiol végétal. 167, 617&# x2013627. doi: 10.1104/pp.114.253625

    Lynch, J. (1995). Architecture racinaire et productivité végétale. Physiol végétal. 109, 7�. doi: 10.1104/pp.109.1.7

    Lynch, J.P. (2007). Racines de la deuxième révolution verte. Aust. J. Bot. 55, 493&# x2013512. doi: 10.1071/BT06118

    Lynch, J.P. (2011). Phènes racinaires pour une meilleure exploration des sols et acquisition de phosphore : des outils pour les cultures futures. Physiol végétal. 156, 1041&# x20131049. doi: 10.1104/pp.111.175414

    Lynch, J.P. (2013). Raide, bon marché et profond : un idéotype pour optimiser l'acquisition d'eau et d'azote par les systèmes racinaires du maïs. Anne. Bot. 112, 347&# x2013357. doi: 10.1093/aob/mcs293

    Lynch, J.P. (2014). Les phènes-racines qui réduisent les coûts métaboliques de l'exploration des sols : opportunités pour l'agriculture du 21e siècle. Environ de cellules végétales. 38, 1775&# x20131784. doi: 10.1111/pce.12451

    Lynch, J.P. et Brown, K.M. (2001). L'alimentation de la couche arable – une adaptation architecturale des plantes à une faible disponibilité en phosphore. Sol végétal 237, 225&# x2013237. doi: 10.1023/A:1013324727040

    Lynch, J.P., Chimungu, J.G. et Brown, K.M. (2014). Phènes anatomiques racinaires associés à l'acquisition d'eau à partir du sol en train de sécher : cibles pour l'amélioration des cultures. J. Exp. Bot. 65, 6155�. doi: 10.1093/jxb/eru162

    Lynch, J.P., Nielsen, K.L., Davis, R.D. et Jablokow, A.G. (1997). SimRoot : modélisation et visualisation des systèmes racinaires. Sol végétal 188, 139&# x2013151. doi : 10.1023/A : 1004276724310

    Mairhofer, S., Zappala, S., Tracy, S., Sturrock, C., Bennett, M.J., Mooney, S.J., et al. (2013). Récupération des architectures complètes du système racinaire des plantes à partir du sol via la tomodensitométrie à rayons X. Méthodes végétales 9:8. doi: 10.1186/1746-4811-9-8

    Mairhofer, S., Zappala, S., Tracy, S.R., Sturrock, C., Bennett, M., Mooney, S.J., et al. (2012). RooTrak: Automated recovery of three-dimensional plant root architecture in soil from X-ray microcomputed tomography images using visual tracking. Physiol végétal. 158, 561�. doi: 10.1104/pp.111.186221

    Miguel, M. A., Postma, J. A., and Lynch, J. P. (2015). Phene synergism between root hair length and basal root growth angle for phosphorus acquisition. Physiol végétal. 167, 1430�. doi: 10.1104/pp.15.00145

    Milenkovic, T., Ng, W. L., Hayes, W., and Przulj, N. (2010). Optimal network alignment with graphlet degree vectors. Cancer Inform. 30, 121�. doi: 10.4137/CIN.S4744

    Ong, Y., Streit, K., Henke, M., and Kurth, W. (2014). An approach to multiscale modelling with graph grammars. Anne. Bot. 114, 813�. doi: 10.1093/aob/mcu155

    Pages, L. (2014). Branching patterns of root systems: quantitative analysis of the diversity among dicotyledonous species. Anne. Bot. 114, 591�. doi: 10.1093/aob/mcu145

    Peret, B., Desnos, T., Jost, R., Kanno, S., Berkowitz, O., and Nussaume, L. (2014). Root architecture responses: in search of phosphate. Physiol végétal. 166, 1713�. doi: 10.1104/pp.114.244541

    Piccolo, S. R., and Frampton, M. B. (2016). Tools and techniques for computational reproducibility. Gigascience 5, 1�. doi: 10.1186/s13742-016-0135-4

    Pi༞ros, M. A., Larson, B. G., Shaff, J. E., Schneider, D. J., Falcão, A. X., Yuan, L., et al. (2016). Evolving technologies for growing, imaging and analyzing 3D root system architecture of crop plants. J. Integr. Biol végétale. 58, 230�. doi: 10.1111/jipb.12456

    Postma, J. A., and Lynch, J. P. (2011). Root cortical aerenchyma enhances the growth of maize on soils with suboptimal availability of nitrogen, phosphorus, and potassium. Physiol végétal. 156, 1190�. doi: 10.1104/pp.111.175489

    Pradal, C., Boudon, F., Nouguier, C., Chopard, J., and Godin, C. (2009). PlantGL: A Python-based geometric library for 3D plant modelling at different scales. Graphique. Des modèles 71, 1�. doi: 10.1016/j.gmod.2008.10.001

    Prusinkiewicz, P. (1986). “Graphical applications of L-systems,” in Proceedings of Graphics Interface �/Vision Interface �, eds M. Wein and E. M. Kidd (Vancouver, BC: Canadian Information Processing Society), 247�.

    Prusinkiewicz, P., Karwowski, R., and Lane, B. (2007). “The L+C plant modeling language,” in Functional-Structural Plant Modeling in Crop Production, eds J. Vos, L. F. M. Marcelis, P. H. B. de Visser, P. C. Struik, J. B. Evers, and R. J. Bogers (Wageningen: Springer), 27�.

    Prusinkiewicz, P., and Lindenmayer, A. (1990). The Algorithmic Beauty of Plants. New York, NY: Springer.

    Qu, X., Chatty, P. R., and Roeder, A. H. K. (2014). Endomembrane trafficking protein SEC24A regulates cell size patterning in Arabidopsis. Physiol végétal. 166, 1877�. doi: 10.1104/pp.114.246033

    Rameau, C., Bertheloot, J., Leduc, N., Andrieu, B., Foucher, F., and Sakr, S. (2015). Multiple pathways regulate shoot branching. Plante avant Sci. 5:74. doi: 10.3389/fpls.2014.00741

    Reich, P. B., Walters, M. B., Tjoelker, M. G., Vanderklein, D., and Buschena, C. (1998). Photosynthesis and respiration rates depend on leaf and root morphology and nitrogen concentration in nine boreal tree species differing in relative growth rate. Fonction. Écol. 12, 395�. doi: 10.1046/j.1365-2435.1998.00209.x

    Rellán-Álvarez, R., Lobet, G., Lindner, H., Pradier, P.-L., Sebastian, J., Yee, M.-C., et al. (2015). GLO-Roots: an imaging platform enabling multidimensional characterization of soil-grown root systems. eLife 4, 1�. doi: 10.7554/eLife.07597

    Roeder, A. H. K., Chickarmane, V., Cunha, A., Obara, B., Manjunath, B. S., and Meyerowitz, E. M. (2010). Variability in the control of cell division underlies sepal epidermal patterning in Arabidopsis thaliana. PLoS Biol. 8:e1000367. doi: 10.1371/journal.pbio.1000367

    Roeder, A. H. K., Cunha, A., Ohno, C. K., and Meyerowitz, E. M. (2012). Cell cycle regulates cell type in the Arabidopsis sepal. Développement 139, 4416�. doi: 10.1242/dev.082925

    Rousseau, D., Chéné, Y., Belin, E., Semaan, G., Trigui, G., Boudehri, K., et al. (2015). Multiscale imaging of plants: current approaches and challenges. Plant Methods 11:413. doi: 10.1186/s13007-015-0050-1

    Ruffel, S., Krouk, G., Ristova, D., Shasha, D., Birnbaum, K. D., and Coruzzi, G. M. (2011). Nitrogen economics of root foraging: transitive closure of the nitrate-cytokinin relay and distinct systemic signaling for N supply vs. demand. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108, 18524�. doi: 10.1073/pnas.1108684108

    Saengwilai, P., Nord, E. A., Chimungu, J. G., Brown, K. M., and Lynch, J. P. (2014). Root cortical aerenchyma enhances nitrogen acquisition from low-nitrogen soils in maize. Physiol végétal. 166, 726�. doi: 10.1104/pp.114.241711

    Savaldi-Goldstein, S., Peto, C., and Chory, J. (2007). The epidermis both drives and restricts plant shoot growth. La nature 446, 199�. doi: 10.1038/nature05618

    Schiessl, K., Muino, J. M., and Sablowski, R. (2014). Arabidopsis JAGGED links floral organ patterning to tissue growth by repressing Kip-related cell cycle inhibitors. Proc. Natl. Acad. Sci. ETATS-UNIS. 111, 2830�. doi: 10.1073/pnas.1320457111

    Siefert, A., Violle, C., Chalmandrier, L., Albert, C. H., Taudiere, A., Fajardo, A., et al. (2015). A global meta-analysis of the relative extent of intraspecific trait variation in plant communities. Écol. Lett. 18, 1406�. doi: 10.1111/ele.12508

    Sinoquet, H., and Rivet, P. (1997). Measurement and visualisation of the architecture of an adult tree based on a three-dimensional digitising device. Des arbres 11, 265�. doi: 10.1007/s004680050084

    Smith, S., and De Smet, I. (2012). Root system architecture: insights from Arabidopsis and cereal crops. Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci. 367, 1441�. doi: 10.1098/rstb.2011.0234

    Suding, K. N., Lavorel, S., Chapin, F. S., Cornelissen, J. H. C., Diaz, S., Garnier, E., et al. (2008). Scaling environmental change through the community-level: a trait-based response-and-effect framework for plants. Glob. Change Biol. 14, 1125�. doi: 10.1111/j.1365-2486.2008.01557.x

    Symonova, O., Topp, C. N., and Edelsbrunner, H. (2015). DynamicRoots: a software platform for the reconstruction and analysis of growing plant roots. PLoS UN 10:e0127657. doi: 10.1371/journal.pone.0127657

    Tauriello, G., Meyer, H. M., Smith, R. S., Koumoutsakos, P., and Roeder, A. H. K. (2015). Variability and constancy in cellular growth of Arabidopsis sepals. Physiol végétal. 169, 2342�. doi: 10.1104/pp.15.00839

    Tian, F., Bradbury, P. J., Brown, P. J., Hung, H., Sun, Q., Flint-Garcia, S., et al. (2011). Genome-wide association study of leaf architecture in the maize nested association mapping population. Nat. Genet. 43, 159�. doi: 10.1038/ng.746

    Topp, C. N., Iyer-Pascuzzi, A. S., Anderson, J. T., Lee, C.-R., Zurek, P. R., Symonova, O., et al. (2013). 3D phenotyping and quantitative trait locus mapping identify core regions of the rice genome controlling root architecture. Proc. Natl. Acad. Sci. ETATS-UNIS. 110, e1695�. doi: 10.1073/pnas.1304354110

    Trachsel, S., Kaeppler, S. M., Brown, K. M., and Lynch, J. P. (2011). Shovelomics: high throughput phenotyping of maize (Zea mays L.) root architecture in the field. Plant Soil 341, 75�. doi: 10.1007/s11104-010-0623-8

    Vandenbussche, F., Pierik, R., Millenaar, F. F., Voesenek, L. A., and Van Der Straeten, D. (2005). Reaching out of the shade. Cour. Avis. Plant Biol 8, 462�. doi: 10.1016/j.pbi.2005.07.007

    Vellend, M., and Geber, M. A. (2005). Connections between species diversity and genetic diversity. Écol. Lett. 8, 767�. doi: 10.1111/j.1461-0248.2005.00775.x

    Verheijen, L. M., Brovkin, V., Aerts, R., Bönisch, G., Cornelissen, J. H. C., Kattge, J., et al. (2013). Impacts of trait variation through observed trait𠄼limate relationships on performance of an Earth system model: a conceptual analysis. Biogéosciences 10, 5497�. doi: 10.5194/bg-10-5497-2013

    Violle, C., Enquist, B. J., McGill, B. J., Jiang, L., Albert, C. H., Hulshof, C., et al. (2012). The return of the variance: intraspecific variability in community ecology. Tendances Écol. Evolut. 27, 245�. doi: 10.1016/j.tree.2011.11.014

    Vogel, G. (2013). How do organs know when they have reached the right size? Science 340, 1156�. doi: 10.1126/science.340.6137.1156-b

    Whitham, T. G., Bailey, J. K., Schweitzer, J. A., Shuster, S. M., Bangert, R. K., LeRoy, C. J., et al. (2006). A framework for community and ecosystem genetics: from genes to ecosystems. Nat. le révérend Genet. 7, 510�. doi: 10.1038/nrg1877

    Zhang, H., Jennings, A., Barlow, P. W., and Forde, B. G. (1999). Dual pathways for regulation of root branching by nitrate. Proc. Natl. Acad. Sci. ETATS-UNIS. 96, 6529�. doi: 10.1073/pnas.96.11.6529

    Zhu, J., Brown, K. M., and Lynch, J. P. (2010). Root cortical aerenchyma improves the drought tolerance of maize (Zea mays L.). Plant, Cell Environ. 33, 740�. doi: 10.1111/j.1365-3040.2009.02099.x

    Zurek, P. R., Topp, C. N., and Benfey, P. N. (2015). Quantitative trait locus mapping reveals regions of the maize genome controlling root system architecture. Physiol végétal. 167, 1487�. doi: 10.1104/pp.114.251751

    Keywords : morphology, topology, geometry, leaf, hypocotyl, sepal, roots, ecology

    Citation: Balduzzi M, Binder BM, Bucksch A, Chang C, Hong L, Iyer-Pascuzzi AS, Pradal C and Sparks EE (2017) Reshaping Plant Biology: Qualitative and Quantitative Descriptors for Plant Morphology. Devant. Plante Sci. 8:117. doi: 10.3389/fpls.2017.00117

    Received: 23 August 2016 Accepted: 19 January 2017
    Published: 03 February 2017.

    Hartmut Stützel, Leibniz University of Hanover, Germany

    Copyright © 2017 Balduzzi, Binder, Bucksch, Chang, Hong, Iyer-Pascuzzi, Pradal and Sparks. Il s'agit d'un article en libre accès distribué sous les termes de la Creative Commons Attribution License (CC BY). The use, distribution or reproduction in other forums is permitted, provided the original author(s) or licensor are credited and that the original publication in this journal is cited, in accordance with accepted academic practice. Aucune utilisation, distribution ou reproduction non conforme à ces conditions n'est autorisée.


    Doctor of Philosophy in Life Sciences with Plant Pathology Concentration

    It is recommended that the doctoral program include enrichment courses to be approved by the graduate committee. The enrichment program would consist of 12 course credits or equivalent special projects or study areas related to the specific interests and needs of the student.

    This program requires 60 credit hours of coursework above the baccalaureate degree.

    The student’s Ph.D. graduate committee will consist of a total of at least five members with at least three of these members from the department faculty. The student will submit a research proposal to the committee.

    The student must pass written and oral preliminary examinations dealing with his/her program of study. A student not passing the preliminary exams on a second attempt will be given the option of completing the research required for an M.S. (provided the coursework is also adequate). The student must pass a final oral defense of the dissertation upon completion of the research program.

    BCH 6013 Principles of Biochemistry: 3 hours.

    (Prerequisite: CH 2503, BIO 1134 or equivalent.) Three hours lecture. A survey of biochemistry designed to provide the non-major with a comprehensive background in the field. (Credit will not be given to students matriculating in the Biochemistry or Molecular Biology degree programs.)

    BCH 6113 Essentials of Molecular Genetics: 3 hours.

    Three hours lecture. A survey of molecular biology and genetics designed to provide the non-major with a comprehensive background in the field. (Credit will not be given to students matriculating in the Biochemistry or Molecular Biology degree program)

    BCH 6253 Macronutrients: Human Metabolism: 3 hours.

    (Prerequisites: FNH Majors: Grade of “C” or better or concurrent enrollment in BCH 4013 and Junior or Senior Standing or BCH Major). Three hours face-to-face lecture or web-based distance instruction. In-depth study of the chemistry and functionality of macronutrients in food systems and their biochemical impact on the human body. (Same as FNH 4253/6253)

    BCH 6333 Advanced Forensic Science: 3 hours.

    (Prerequisite:BCH 4013/6013 or BCH 4603/6603 and BCH 4613/6613 or consent of instructor). Three hours lecture. An advanced study of the central concepts in forensic science as they relate to physiology, biochemistry and statistics

    BCH 6414 Protein Methods: 4 hours.

    (Prerequisite: Coregistration in BCH 4603/6603). Two hours lecture. Four hours laboratory. A comprehensive course to teach the student the modern methods of protein biochemistry

    BCH 6443 Introduction to Public Health: 3 hours.

    (Prerequisite BIO 1134, BIO 1144 or consent of instructor). Three hours lecture. Introduction to the field of Public Health. Includes an overview of historic and existing health problems and disparities unique to the United States and Southeast and an overview of related epidemiological methods

    BCH 6503 Scientific Communication Skills: 3 hours.

    (Prerequisite: EN 1113 and MA 1713 and CH 4513 or consent of instructor, or Graduate standing). Three hours lecture. Introduction to developing information literature and survey of data manipulation and presentation skills

    BCH 6603 General Biochemistry I: 3 hours.

    (Prerequisites: CH 4564, CH 4523/6523 or consent of instructor). Three hours lecture. BCH 4603/6603 must be completed before student may enroll in BCH 4613/6613. Detailed studies of the structure and metabolism of carbohydrates, lipids, proteins, nucleic acids, enzymes, and coenzymes

    BCH 6613 General Biochemistry II: 3 hours.

    (Prerequisites: CH 4564, CH 4523/6523 or consent of instructor). Three hours lecture. BCH 4603/6603 must be completed before student may enroll in BCH 4613/6613. Detailed studies of the structure and metabolism of carbohydrates, lipids, proteins, nucleic acids, enzymes, and coenzymes

    BCH 6623 Biochemistry of Specialized Tissues: 3 hours.

    (Prerequisite: Coregistration in BCH 4613/6613). A continuation of BCH 4613/6613 to include a study of specialized tissues, hormones, acid-base balance in animals and other physiological parameters of biochemistry

    BCH 6713 Molecular Biology: 3 hours.

    (Prerequisite: Coregistration in BCH 4613/6613). Three hours lecture. A study of basic molecular process such as synthesis of DNA, RNA, and protein in both prokaryotic and eukaryotic cells. Offered fall semester. (Same as GNS 6713)

    BCH 6803 Integrative Protein Evolution: 3 hours.

    (Prerequisite BCH 4613/6613 Biochemistry II). This course focuses on providing students with an integrative view of molecular evolution, demonstrating how genomic mutations cause biochemical changes which are then reflected at the organismal level, using hemoglobin as our model system

    BCH 6804 Molecular Biology Methods: 4 hours.

    (Prerequisite:Coregistration in BCH 4613/6613). Two hours lecture. Four hours laboratory. A comprehensive course to teach the student the modern methods of molecular biology. (Same as GNS 4804/6804),

    BCH 6903 Plant Biochemistry and Molecular Biology: 3 hours.

    Three hours lecture. A comprehensive course on biochemical and molecular processes specific for plant cells. The course includes ample information on the molecular components and pathways required for plant response to pathogens and tolerance to environmental factors

    BCH 6990 Special Topics in Biochemistry, Molecular Biology, Entomology and Plant Pathology: 1-9 hours.

    Credit and title to be arranged. This course is to be used on a limited basis to offer developing subject matter areas not covered in existing courses. (Courses limited to two offerings under one title within two academic years)

    BCH 7000 Directed Individual Study in Biochemistry, Molecular Biology, Entomology and Plant Pathology: 1-6 hours.

    Hours and credits to be arranged

    BCH 8000 Thesis Research/ Thesis in Biochemistry, Molecular Biology, Entomology and Plant Pathology: 1-13 hours.

    Hours and credits to be arranged

    BCH 8101 Seminar: 1 hour.

    Review of current literature individual presentation of research or classical topics. Course can be taken twice for credit

    BCH 8243 Molecular Biology of Plants: 3 hours.

    (Prerequisite: Coregistration in BCH 4613/6613). Three hours lecture. A study of plant development at the molecular level. Emphasis will be placed on the influence of nucleic acid metabolism on plant development

    BCH 8631 Topics in Genomics: 1 hour.

    (Prerequisites:PSS/BCH 8653 or BCH 4713/6713 or BCH 8643 ). Review and discussion of classic and current genomics literatureindividual presentation of a seminar highlighting an area of genomics research. (Same as PSS 8631)

    BCH 8633 Enzymes: 3 hours.

    (Prerequisites: BCH 4613/6613). Three hours lecture. A study of enzymes their purification, classification, kinetics and mechanisms

    BCH 8643 Molecular Genetics: 3 hours.

    (Prerequisites: PO 3103, or BIO 3103, and Coregistration in BCH 5613/7613). Three hours lecture. Study of the gene and its expression with emphasis on structure and function in higher organisms. (Same as GNS 8643)

    BCH 8653 Genomes and Genomics: 3 hours.

    (Prerequisites:BCH 4113/6113 or BCH 4713/6713 or BCH 8643 or consent of instructor). Overview of genome structure and evolution with emphasis on genomics, the use of molecular biology, robotics, and advanced computational methods to efficiently study genomes. (Same as PSS 8653)

    BCH 8654 Intermediary Metabolism: 4 hours.

    (Prerequisite: BCH 4613/6613). Four hours lecture. An advanced in-depth study of anabolic and catabolic pathways involved in cellular metabolism. Bioenergetics and control mechanisms will be emphasized

    BCH 8663 Proteome and Proteomics: 3 hours.

    Three hours lecture. This course introduces proteome (the entire complement of proteins in cells) and proteomics which is the large-scale study of proteomes, directed to analyzing protein function in a cellular context. It is designed to cover the fundamental concepts of proteomics and its applications to biomedical research

    BCH 8990 Special Topics in Biochemistry, Molecular Biology, Entomology and Plant Pathology: 1-9 hours.

    Credit and title to be arranged. This course is to be used on a limited basis to offer developing subject matter areas not covered in existing courses. (Courses limited to two offerings under one title within two academic years)

    BCH 9000 Dissertation Research/ Dissertation in Biochemistry,Molecular Biology,Entomology and Plant Pathology: 1-13 hours.

    Hours and credit to be arranged

    EPP 6113 Principles of Plant Pathology: 3 hours.

    (Prerequisites: BIO 1134 and Bio 1144 or consent of instructor). Two hours lecture. Three hours laboratory. Acquiring a general knowledge of the principles of plant pathology through a study of selected plant diseases of economic importance for Mississippi

    EPP 6143 Insect Ecology: 3 hours.

    Three hours lecture. Interaction of insects with their environment, including behavioral ecology, abiotic influences, population dynamics, species interactions, and effects of insects on ecosystem structure and function

    EPP 6152 Advanced Fungal Taxonomy-Fungi Imperfecti: 2 hours.

    (Prerequisite:Consent of Instructor). One hour lecture. Two hours laboratory. Methods and practice in identification of taxon-fungi imperfecti in different ecosystems. Includes conventional macroscopic and microscopic techniques for identification compared with molecular methods

    EPP 6154 General Entomology: 4 hours.

    Two hours lecture. Four hours laboratory. Fall semester. Biology of insects including morphology, physiology, development, ecology and emphasis on classification of orders and common families

    EPP 6162 Advanced Fungal Taxonomy-Ascomycetes: 2 hours.

    (Prerequisite: Consent of Instructor).One hour lecture. Two hours laboratory.Methods and practice in identification of taxon-ascomycetes in different ecosystems. Includes conventional macroscopic and microscopic techniques for identification compared with molecular methods

    EPP 6163 Plant Disease Management: 3 hours.

    (Prerequisite: EPP 4113/6113 or consent of instructor). Two hours lecture. Three hours laboratory. Techniques and fundamentals of plant disease management. Disease dynamics related to management, avoidance, exclusion, eradication of pathogens principles of plant protection, spraying techniques biological control. Spring semester

    EPP 6164 Insect Taxonomy: 4 hours.

    (Prerequisite: EPP 4154). Two hours lecture. Six hours laboratory. Spring semester. Advanced study of insect classification

    EPP 6172 Advanced Fungal Taxonomy-Fleshy Basidiomycetes: 2 hours.

    (Prerequisite: Consent of Instructor). One hour lecture. Two hours laboratory. Methods and practice in identification of taxon-basidiomycetes in different ecosystems.Includes conventional mascroscopic and microscopic techniques for identification compared with molecular methods

    EPP 6173 Medical and Veterinary Entomology: 3 hours.

    (Prerequisite:EPP 4154 or consent of instructor). Two hours lecture. Two hour laboratory. Exxentials of the biology, disease relationships, surveillance, and control of arthropods parastitic on humans and animals in the context of clincal and preventive medicine

    EPP 6182 Advanced Fungal Taxonomy-Oomycetes and Zygomycetes: 2 hours.

    (Prerequisites: Consent of Instructor ). One hour lecture. Two hour laboratory. Methods and practice in identification of taxon-oomycetes and zygomycetes in different ecosystems. Includes conventional macroscopic and microscopic techniques for identification compared with molecular methods

    EPP 6214 Diseases of Crops: 4 hours.

    (Prerequisites: EPP 3113 or 3124). Three hours lecture. Two hours laboratory. Fundamentals and practical aspects of identification and control of selected diseases of crop plants grown in the southern U.S. Spring semester

    EPP 6234 Field Crop Insects: 4 hours.

    (Prerequisite: EPP 2213 or 4154). Three hours lecture. Two hours laboratory. Fall semester. Recognition, biology, distribution, damage, economic importance and methods of control of insect pests of agronomic and horticultural crops

    EPP 6244 Aquatic Entomology: 4 hours.

    (Prerequisites: EPP 4154 or instructors approval). Three hours lecture. Two hours laboratory. Study of basic biological and ecological principles important to aquatic insects and related arthropods, including life histories, evolutionary adaptations, community and species and identification

    EPP 6254 Introduction to Mycology: 4 hours.

    (Prerequisite: BIO 1134 or consent of instructor). Two hours lecture. Four hours laboratory. Subjects include fungal structures, function and physiology, reproduction, genetics, emphasis in taxonomy and influence of reproductive stages of Ascomycetes, Basidiomycetes on plant and forest ecosystems

    EPP 6263 Principles of Insect Pest Management: 3 hours.

    Two hours lecture. Two hours laboratory. Discussion of pest management concepts, insect control methods, sampling, and pest management systems. Laboratory involves sampling, calibration and other exercises related to pest management

    EPP 6264 Advanced Mycology: 4 hours.

    (Prerequisite: BIO 1134 or consent of instructor). Two hours lecture. Four hours laboratory. Subjects include fungal structures, function and physiology, reproduction, genetics, and taxonomy of Oomycota, Chytridiomycota, and Zygomycota (Glomeromycota) and other phyla on plant and forest ecosystems

    EPP 6313 Forensic Entomology: 3 hours.

    Two hours lecture. Two hours laboratory. Introduction to the identification and ecology of insects and other arthropods associated with corpses/carrion and related materials in the context of forensic science

    EPP 6333 Principles of Insect Anatomy and Physiology: 3 hours.

    (Prerequisite: EPP 4154). Three hours lecture. Spring semester. Introduction to the basic principles of structure and function of insect organ systems from a comparative and evolutionary viewpoint

    EPP 6523 Turfgrass Diseases: 3 hours.

    (Prerequisite: EPP 3113 or 3124) Two hours lecture Three hours laboratory. Study of the life cycle, damage, economic importance and control startegies of turfgrass diseases

    EPP 6543 Toxicology and Insecticide Chemistry: 3 hours.

    (Prerequisite: Organic Chemistry). Two hours lecture. Two hours laboratory. Spring semester. Chemistry, toxicity and mode of action of major groups of insecticides. Laboratory bioassay methods, insecticide interactions, calculations

    EPP 6613 Forensic Entomology: 3 hours.

    Two hours lecture. Two hours Laboratory. Introduction to the identification and ecology of insects and other arthropods associated with corpses/carrion and related materials in the context of forensic science

    EPP 6990 Special Topics in Entomology and Plant Pathology: 1-9 hours.

    Credit and title to be arranged. This course is to be used on a limited basis to offer developing subject matter areas not covered in existing courses. (Courses limited to two offerings under one title within two academic years)

    EPP 7000 Directed Individual Study in Entomology and Plant Pathology: 1-6 hours.

    Hours and credits to be arranged

    EPP 8000 Thesis Research/ Thesis in Entomology and Plant Pathology: 1-13 hours.

    Thesis Research/Thesis. Hours and credits to be arranged

    EPP 8111 Seminar: 1 hour.

    Consideration of recent advances and problems in Entomology and Plant Pathology student participation, general discussion

    EPP 8113 Plant Nematology: 3 hours.

    (Prerequisite: EPP 3113). Two hours lecture. Three hours laboratory. Basic morphology, taxonomy, and nomenclature discussion of plant pathogenic general, symptomatology, methods of isolation, control methods, and interrelationship of nematodes to other plant pathogens. Fall semester, even years

    EPP 8121 Seminar: 1 hour.

    Consideration of recent advances and problems in Entomology and Plant Pathology student participation, general discussion

    EPP 8123 Plant Virology: 3 hours.

    (Prerequisite: EPP 4133/6133 or equivalent). Two hours lecture. Three hours laboratory. Morphology and structure of infectious entity characteristics of plant virus groups including symptomatology, transmission, vectors, etc. Methods of assay and purification. Spring semester, even years

    EPP 8133 Plant Bacteriology: 3 hours.

    (Prerequisite:EPP 4113,EPP 6133 or consent of instructor). Two hours lecture. Three hours Laboratory. Morphology, biology and taxonomy of plant-associated bacteria and physio-biochemical and molecular mechanisms involved in their interactions with plants development and management of plant bacterial diseases

    EPP 8143 Advanced Plant Pathology I: 3 hours.

    (Prerequisite: EPP 3113). Three hours lecture. The dynamic nature of disease. Genetics and variability of the major groups of plant pathogens. Epidemiology. Genetics of the host-parasitic interaction. Fall semesters

    EPP 8144 Transmission Electro Microscopy: 4 hours.

    (Prerequisite:Consent of Instructor). One hour lecture. Six hours laboratory. Introduction to TEM including life sciences (tissue) and engineering (crystalline materials) topics. (Same as ME 8144)

    EPP 8173 Clinical Plant Pathology: 3 hours.

    (Prerequisites: EPP 3113 and EPP 4114). Two four-hour laboratories. Clinical techniques, procedures, and experience in diagnosing plant diseases in the laboratory and field. Covers diseases caused by bacteria, fungi, MLO, nematodes, unfavorable environment and viruses. Summer

    EPP 8223 Scanning Electron Microscopy: 3 hours.

    (Prerequisite: Graduate Student, consent of instructor). Two hours lecture. Three hours laboratory . Fall semester. Introduction to scanning electron microscopy and associated techniques

    EPP 8253 Advanced Plant Pathology II: 3 hours.

    (Prerequisites: EPP 4113/6113, BIO 4214/6214, or consent of instructor). Three hours lecture. Infection processes, weapons utilized by pathogens in attack, and resultant alterations in ultrastructure, function and metabolism

    EPP 8263 Insect Rearing: Principles and Procedures: 3 hours.

    (Prerequisite: EPP 2213, EPP 4154, or instructor permission.) Two hours lecture. Two hours laboratory. Principles and procedures for hearing high quality insects including safety, genetics environments, diets, diet contamination, disease, and quality control

    EPP 8273 Empirical Research in Theory and Practice: 3 hours.

    Three hours lecture. Introduction to the nature, process, and societal role of research scientific method, experimental design, proposal writing, publishing, and ethics. Course emphasizes the intuitive understanding and practical application of quantitative analyses, including written, visual, and oral presentation of methods and results

    EPP 8333 Advanced Toxicology: 3 hours.

    (Prerequisite: EPP 4543. Three hours lecture. Fall semester. Physiological and biochemical actions of pesticides and therapeutic drugs. Pesticide metabolism and resistance. Insecticide synergism. Natural toxins and venoms. (Same as PHY 8333)

    EPP 8343 Advances in Insect Anatomy-Structure and Function: 3 hours.

    (Prerequisites: General entomology (EPP 4154/6154) and/ or Insect taxonomy (EPP 4164/6164) or consent of instructor). Three credit course for upper-level graduate students with basic background in entomology. Advances in knowledge of insect anatomy, functional morphology and terminology associated with it. Evolutionary aspects of insect form and function

    EPP 8353 Advances in Insect Physiology and Biochemistry: 3 hours.

    (Prerequisites: General entomology (EPP 4154/6154) and/ or Insect taxonomy (EPP 4164/6164) or consent of instructor). Three credits course for upper-level graduate students with basic background in entomology and biochemistry. This advanced course will examine the major biochemical and molecular bases of the processes and functions of insect systems

    EPP 8483 Ecological Genetics: 3 hours.

    (Prerequisites: PO 3103 or equivalent and BIO 4113/6113 or consent of instructor). Three hours lecture. Spring semester, odd-numbered years. Introduction to the application of genetic methods and theory to the study of adaptation in natural populations. (Same as GNS 8483)

    EPP 8990 Special Topics in Entomology and Plant Pathology: 1-9 hours.

    Credit and title to be arranged. This course is to be used on a limited basis to offer developing subject matter areas not covered in existing courses. (Courses limited to two offerings under one title within two academic years)

    EPP 9000 Dissertation Research /Dissertation in Entomology and Plant Pathology: 1-13 hours.

    Hours and credits to be arranged

    Mississippi State, MS 39762 | 662.325.2323
    © 2012 Mississippi State University. Tous les droits sont réservés.


    Voir la vidéo: Biologie végétale - Etude de la morphologie dune plante à fleur (Mai 2022).